El Padre Juan Holubka, párroco de la iglesia de Siluva, escuchando lo que sucedía, construyó una caja, envolvió cuidadosamente la pintura de la Virgen María, las vestiduras litúrgicas y los documentos que probaron que Vytautas el grande había dado la tierra a la iglesia católica y los puso en la caja. Después selló la caja y la enterró cerca de una roca grande. Su acción fue inspirada por el Espíritu Santo porque al poco tiempo las autoridades tomaron la iglesia.... y pareció como si la fe católica hubiera acabado en la aldea de Siluva.

Pasados ochenta años, los fieles católicos, sin pastor y sin guía, habían desapareciendo gradualmente. Solamente algunos de los más viejos recordaban que había habido una iglesia católica en su aldea. Los niños crecieron en el credo del calvinista.

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Pero La Virgen Santísima jamás se olvidó de Sus hijitos de Siluva y, con una aparición suya, Dios intervino milagrosamente y de una forma contundente, ya que la característica más notable es el hecho de que el milagro ocurrió a personas que no eran católicas cuando en el verano de 1608, unos pastorcitos, mientras tendían sus ovejas cerca de la aldea de Siluva, ven a una mujer hermosa: La Virgen Santísima. Jugaban cerca de una gran roca, cerca de una zona forestada. Repentinamente uno después del otro quedaron quietos, mirando fijamente en la dirección de la roca. En el silencio, podían oír un llanto fuerte. Entonces los niños vieron una mujer joven hermosa que estaba parada en la roca y que sostenía a un bebé en los brazos. Ella lloraba amargamente. Su pena abrumadora era evidente. Ella no habló, pero les miró con gran tristeza, como si su corazón se rompiese. Tan profusas eran las lágrimas que rodaban por sus mejillas y salpicaban sobre la roca.  La mujer vestía un traje azul y blanco, diferente de cualquier vestido conocido por los niños. Su pelo largo, marrón claro caía suavemente sobre sus hombros. Una luz extraña rodeaba a la mujer y al niño.

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Los niños quedaron tan asombrados que no podrían hablar; solo permanecieron allí parados  mirando fijamente. Pero este asombro se tornó rápidamente en miedo cuando la vieron desaparecer frente a sus ojos con su bebé. Entonces todos comenzaron a hablar excitados sobre lo que habían visto. Uno de los muchachos fue a la aldea para decirle al pastor calvinista. Le dijeron que dejara de inventar cuentos fantásticos y que regresara de nuevo a los campos.

Cuando los niños volvieron a casa por la tarde, relataron a sus padres y vecinos sobre la mujer que llora. La noticia se propagó rápidamente a través de la pequeña aldea y a la mañana siguiente la mayoría del pueblo estaba congregado alrededor de la roca. Algunos se burlaban en alta voz, pero otros estaban impresionados por los niños que con insistencia y llantos aseguraban decir la verdad. Esto fue probado porque, si preguntaban a los niños por separado o juntos, cada uno contaba la misma historia con exactitud hasta el detalle más pequeño.

Enterado de que la muchedumbre había ido al lugar de las apariciones, el pastor se alarmó de la ingenuidad de su gente al creer lo que el consideraba una "superstición romana". El advirtió que éste era el trabajo de Satanás para llevarse a la gente. Mientras que el pastor calvinista se detuvo brevemente para recuperar su respiración, un sonido desgarrador de llanto fue oído. Todos los ojos dieron vuelta a la roca, y allí, parada en su medio, estaba la señora que lloraba con el bebé en brazos, tal como los niños la habían descrito. La gente estaba estupefacta. El pastor no podía sino también mirar fijamente. La cara de la mujer reflejaba un dolor profundo y sus mejillas estaban llenas de lágrimas. Finalmente el pastor recuperó su calma y le preguntó, "¿por qué llora usted?" En una voz llena de dolor, ella contestó, "había una época en que Mi Amado Hijo era adorado por mi pueblo en este mismo lugar. Pero ahora han dado este suelo sagrado al arado, a la siembra y a los animales de pasto" Sin otra palabra, ella desapareció.

La creencia que la madre de Dios había aparecido en persona para regañarlos por su negligencia hacia la fe Católica creció rápidamente entre la gente. La mayoría de ellos prestaron atención a su mensaje pues muchísimos la vieron con sus propios ojos y comenzaron con gran fervor a volver a la iglesia verdadera fundada por Su Hijo Divino, Jesucristo. Tan completo fue este retorno que una década más tarde, en la fiesta de la Natividad de la Virgen María, más de 11.000 personas recibían La Sagrada Comunión durante una misa ofrecida en el lugar de las apariciones.

Fue muy grande y renombrado este hecho sobrenatural de las apariciones de la Madre de Dios en la aldea de Siluva (donde no había habido iglesia, ni sacerdote, ni misa, por casi ochenta años). Por esto, el obispo designó al sacerdote Juan Kazakevicius para investigar el fenómeno y cuestionar a todos los testigos a los acontecimientos.

Uno de los más grandes milagros fue el de un hombre ciego, con mas de 100 años de edad, vivía en una aldea cercana. El supo de las apariciones y recordó que, unos ochenta años atrás, él había ayudado al padre Holubka a enterrar un cofre con los tesoros de la iglesia junto a una gran roca. Los aldeanos lo condujeron al campo de las apariciones a ver si él podría ayudar a localizar el lugar en donde los tesoros fueron enterrados. Tan pronto llegó al lugar su vista fue restaurada milagrosamente. Cayendo de rodillas con alegría y gratitud, él señaló el punto exacto donde el cofre había sido enterrado. El cofre fue entonces excavado de la tierra y dentro encontraron, preservada perfectamente, una pintura de la Madonna con el niño, varios cálices del oro, vestiduras, títulos de la iglesia, y otros documentos. La pintura fue puesta permanentemente en la Basílica de la Natividad de la Virgen María donde sigue siendo venerada como la imagen milagrosa de Siluva.

A través de los años, se han registrado muchos milagros y la capilla ha experimentado cambios numerosos. Iglesias más grandes tuvieron que ser construidas para acomodar a los peregrinos. La devoción a Nuestra Señora de Siluva crecía hasta que la Segunda Guerra Mundial tristemente acabó de nuevo con la libertad en Lituania.